面对这些挑战，蒋经国直接控制的国防部总政治部发动了“向毒素思想总攻击”的运作，《自由中国》的台柱胡适尤成为“攻击”的大目标。……（略——编者）胡适在围剿声中，感到回台湾比留在外国更重要，遂于一九五七年年底答应就任中央研究院院长。（参阅《胡适致赵元任函》，一九五七年七月二十八日）院长一职是由蒋介石圈选的，蒋任命胡为台湾最高学术机关的首长，未尝没有以“高官厚爵”笼络之意，使胡多少有所顾忌，最后胡适果然未能以“去就”争“自由”。
《自由中国》的命运也未因胡适于一九五八年四月回台长住后得到改善。特务们反而由“围剿”进而迫害，而胡适竟要《自由中国》的执笔者多“容忍”，引起殷海光的不满。雷震则在胡适回台以及美国舆论的鼓励下，更向民主的方向迈进，进而要想组织反对党了。至此，蒋介石不再顾民主的招牌，撕破脸皮，命特务制造匪谍案把雷震抓了起来。雷被捕后，胡适不肯主持组党，其他的人在齐世英的影响下主张“稳健”，新党遂胎死腹中。蒋介石达到“杀鸡警猴”的目的。
雷案发生的时候，胡适正在美国，曾公开支持雷震。他回台湾后，蒋介石故意冷落他，农复会主任委员蒋梦麟比他晚回来，却先见到蒋，而胡适却得在“不谈雷案”的约定下，才见到蒋。蒋平常与胡适见面，通常是两人密谈式的，这次却是秘书长、秘书、副官全在的官式谈法，显然是有象征意味、表示有距离了。但是见了面，胡适仍然忍不住要谈雷案，很诚恳地想说明雷案如何在外国产生“很不好的反响”，胡适在一九六o年十一月十八日的日记中说：
总统说：我对雷震能十分容忍，如果他的背后没有匪谍，我绝不会办他。我们的政府是一个反共救国的政府，雷震背后有匪谍，政府不能不办他。我也晓得这案子会在国外发生不利的反响，但一个国家有它的自由、有它的自主权，我们不能
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