极筹划台湾的防务。他认为，要加强台湾的防御力量，必须筹于平日，乃能应用于临时，万一台湾为法军所袭，则南北洋务将无安枕之日，误台即误国。为此，他采取一系列积极措施，加强台湾的防御力量：筑炮台、建营垒、购新枪、置水雷，分讯水陆。以曾文溪以南至恒春为南路，统军5000，由台兵备道领之;曾文溪以北至大甲为中路，统军3000，由台湾镇总兵领之;又以大甲溪至苏澳为北路，统军4000，由提督曹志忠领之;后山自花莲港至凤山之界为后路，统军1500，由副将张兆连领之;而澎湖为前路，统军3000，由水师副将领之。计兵16500名，各守其地，有事策应。又考虑到台湾四面环海，周围有3000余里，无险可据，敌人随时随地可以登陆，守军又缺乏战舰，防守困难，加上兵力单薄，不敷防堵，于是又在台湾办团练，分陆、渔两种，陆团守内地，渔团守海口，“平时各安恒业，有警互相救援”。孤拔率军到达安平时，通过英国领事请刘璈相见，进行讹诈和威胁：“以台南城池之小，兵力之弱，将何以战?”刘璈答道：“诚然。然城土也，兵纸也，而民心铁也。”孤拔听了无话可说，只好把军舰开走，台南一带暂时维持稳定。
法国侵略者的无耻野心，激起台湾各界人民同仇敌忾。人们积极行动起来，用各种方式参加和配合台湾守军进行抗法斗争。陈华介、奚松林在法军进攻基隆时，请求募兵1500人，只需每个士兵月给饷12元，自备军械，包取回基隆。刘铭传手头财政紧张，无法满足兵饷要求，未予批准。记名道朱守谟闻知此事，深受感动，与约招募，数日而成。彰化林文钦也极力为国分忧，“集佃兵500，驻台南，为南军援，器械粮秣悉取之家。已而调驻通霄，捐款助军”。台北绅士林维源慷慨捐款用于抗敌斗争，前后捐款纹银70万两。其他绅士也纷纷捐资抗敌。这都有力地帮助了台湾的抗敌斗争，缓解了因敌人封锁而造成
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