王亦于稍后监国于桂林，瞿式耜以为当立者应为永明王由榔，故与丁魁楚等合力擒靖江王，亦不入闽就唐王封职。
第二年，唐王殉国，朱由榔立于肇庆，瞿式耜进吏部右侍郎。后清兵破赣州，瞿式耜留肇庆。明年，改元永历，清兵陷肇庆，乃走梧州，旋护帝至桂林，升任兵部尚书。瞿式耜曾自澳门借得葡兵三百人、重炮数门，故一时收复失地甚多，桂林亦因之而久守，后封临桂伯。
1650年，南明朝臣互诋，粮饷匮乏，清兵自全州进，桂林大乱，城中无一兵，瞿式耜独不去，与总督张同敞相对饮酒，日赋诗唱和，得百余首。后从容就逮，孔有德劝降不屈。又于囚中作临难表疏，与张同敞同在桂林风洞山仙鹤岭下英勇就义。
瞿式耜此人虽然不像史可法、高弘图等人那样出名，但也是明末的一个狠人，最为难得的是瞿式耜有带兵的能力，曾经在抗清的战场上，取得了不小的战果。
如今因为刘衍的缘故，李自成已经败亡，满清又被打残，窝在辽东养伤，瞿式耜也并没有像历史上那样前往常熟居住，而是在湖广道德安府安陆县隐居。
此番是因为巡视组的一个分队到安陆县落实新政之策，与瞿式耜发生了交集，瞿式耜与巡视组的一名民政部主事畅谈许久，其中许多对军改政策的见解都非常到位，所以这才被当成一个人才举荐了上来。
刘衍思索了一下，随即便下令征召瞿式耜为国防部员外郎，先去青州府的皇明军事学院进修一番，待到毕业之后，再行安排。
再有就是南方巡视组了，经过一个月左右的忙碌，南方巡视组在南直隶的工作已经收尾，并且开始陆续进驻浙江道。
刘衍看完南方巡视组的奏报之后，又拿起军情部送来的情报，忽然被其中一封情报所吸引。
“......福建都督郑芝龙兵力雄厚，特以水师为雄，其兵力、势力盘踞福建各地，
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