恶这一宗教的，之所以允许它存在和扩张只不过是为了结盟而已，因此在回鹘灭亡之后，这一宗教立刻受到严厉的打击。
在回鹘本土，摩尼教信仰依然在高昌王国中盛行，并以此为基地传播向西域各国，直到14世纪西边另一宗教的入侵才彻底结束了本地摩尼教的传承。
不过这种结束只是明面上的结束，作为秘密教派，这一宗教一直在少数人之间传承到19世纪，而华夏之前发现的摩尼教编辑绘画，宗教场所遗迹也基本上出土在这一地区。
而在中原地区，公元842年，唐朝关闭了荆州，扬州，洪州，越州等地的摩尼教寺院，公元843年，又没收了长安，洛阳，太原等地的摩尼寺产业，焚毁经书画像，并在京城处决了72名僧侣。
当然，这一行动并不只是针对于摩尼教，主要是因为当时在位的唐武宗开始了灭佛运动，顺带打击了其他所有的外来宗教，比如说景教，拜火教等。
不过自从这次打击之后，摩尼教就再也没有在华夏地区公开传播过，同时因为那些外国的摩尼教徒随着回鹘摩尼教团远去西域，留在中原的摩尼教丧失了与他们的联系。
当武宗的灭佛运动打击到摩尼教的时候，一部分教徒逃亡到了当时藩镇割据的东南沿海地区，并转入了地下并借机彻底本土化，以明教的身份重新出现。
而明教也分成了两部分，少数的上层僧侣依托于佛道而生存，因为宋朝信奉道教的缘故，他们就称摩尼是老子的学生，因此作为道教的附庸获得了宋朝的许可与包容。
但大部分的明教徒融入了民间，并逐渐与下层民众的反抗活动结合在一起发挥其追求光明，发挥其追求光明，善良，简朴，友爱的道德观念，并宣称光明必将战胜黑暗。
同时，这一宗教还扎根民间，关心民生疾苦，扶危济困。凡是信仰明教的人吃菜不吃肉，教徒之间某人有事则会相互帮助
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