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因此，对于日本儒学界部分人士提出的废除天皇，举国融入大明，以大明之皇帝为日本之皇帝的激进想法，公公是予以认可，但提出了“三步走”方案。
所谓“三步走”方案的第一步，就是先行攻占京都，将后水尾控制在皇军手上，从而能够利用后水尾影响到一些日本藩国，并彻底否定幕府存在之法理性。
这一阶段，皇明及皇军对年轻的天皇陛下是表示尊重的，并尽可能的保留京都朝廷。
第二步便是在控制京都后，上书大明皇帝陛下，册封后水尾为日本国王，仿朝鲜例。
第三步则是皇军在军事、文化、经济上能够彻底融合日本时，进行日本国的正式内附。
第一步和第二步，公公称为“明治时期”，即由大明对日本部分地区的实际统治时期。
这一时期，魏公公保守估计需要五到八年。
第三步，是谓“共荣时期”，又谓“长治时期”，即真正的东亚共荣时代。
“明治时期”，皇军主要推行的除了汉语言教学及科举制度外，就是加强对京都朝廷的控制，并对日本政体和制度进行大改革。
计划中，将由魏公公本人和年轻的后水尾签订《明日议定书》，以确定京都朝廷和大明的正式关系。
这个方案在出台时遭到了近卫师团部分军官的反对，如第一联队长真田一郎、第六联队长李炎昭。
李炎昭提交《解决日本问题的根本方策》文稿，认为皇明对日本之征讨应当是全面的、彻底的，不留任何隐患的。
故皇军应当不断增兵日本，夺取京都之后立即进军江户，在控制日本这两个政治中心后立即向其余藩国进军，以皇军不可战胜的刺刀为皇明彻底解决百年倭患问题，同时亦拯救深陷幕府残暴之统治日本人民。
该文稿中，李炎昭强烈建议大本营不能承认京都朝廷，并要
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