不上吊而投水，是高攀龙以屈原自拟，连寻死的方法都有讲究，可见他赴义的从容。《明史本传》谈他的学养说：
初，海内学者率宗王守仁，攀龙心非之，与顾宪成同讲学东林书院，以静为主，操履笃实，粹然一出于正，为一时儒者之宗。海内士大夫，识与不识，称高、顾无异词。
按：心非阳明，必为程、朱。阳明一死，以媚世宗起家的“大礼议”主角桂萼，首攻阳明，于是复以程、朱为正学，心性空疏、无裨经世致用之学复昌。东林君子，遇见小人，一筹莫展，弄到头来，不过成了为天地留正气的烈士，苛刻而论，无非独善其身。如果东林君子不薄阳明，重视“致良知”之说，使吾心与外物贯通，理论与实际一致，如照阳明应付许泰、张忠的办法来对付魏忠贤，换句话说，多能像黄尊素那样，局面必不如此之糟。
黄曾素是王阳明的同乡，他有个儿子，名气甚大，就是黄宗羲，字梨洲。黄梨洲从父遗命，学于刘宗周，刘出程、朱，入阳明，著有《阳明传信录》。黄家父子受阳明的影响，行事就大不相同了。
《明史本传》说“尊素謇谔敢言，尤有深识远虑”，可惜东林有此智囊而不能用。他的见事之明，据正史可以提出下列数点：
第一，他以徐克启为例，劝邹元标说：“都门非讲学地。”果然，邹的首善书院奉旨拆毁。
第二，杨涟严劾魏忠贤，他跟魏大中说：“清君侧者必有内援，杨公有之乎？”杨涟没有，如有王安在，黄尊素就不会说这话。
第三，魏大中为细故劾魏广微，此是打草惊蛇。黄尊素劝魏，魏不听。
第四，东林内部有以地域分的派系，黄尊素尽力设法团结弥缝，而魏大中一意孤行，因而有汪文言之狱。
第五，汪文言之狱初起，由于黄尊素向刘侨进言，釜底抽薪，始得免于扩大，魏忠贤及阉党即因黄“多智虑”，必欲
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