二月底，赵铭在得知多铎返回江南后，随即留下郭忠、王德顺和夏完淳，留守崇明岛，开垦土地，训练屯军，建造堡垒。
赵铭则率领船队，返回舟山，为大军筹集粮食和军械。
大军撤到崇明后，赵铭与李成栋对长江之役，进行了清点，己方原本出战一万二千三百零七人，阵亡和医治无效的重伤员，共计四千三百余人，其中赵铭这边包括跟随过来的义军，共计阵亡两千八百零五人，李成栋部阵亡一千五百余人。
除此之外，还有大批后来加入的义民，阵亡应该有三四千人，不过因为没有造册，加上战事混乱，所以没有统计。
明军取得了震动江南的战果，不过损失其实也很大，特别是坚守石灰山，死伤甚多，人人带伤。
悲痛是免不了的，不过明军斩获亦算丰厚，击溃清军数万，斩首约有一万八千余人，赵铭与李成栋各报功杀敌九千。
除了杀敌之外，便是钱粮和物资，明军在镇江缴获颇丰，攻下外郭又获得大笔银钱。
赵铭与李成栋拍桌子，瞪眼睛，两人争得面红耳赤，最后赵铭没要珠宝字画，分得白银四十万两，铁甲三十副，棉甲三千套，战袄五千，火器、鸟铳、长枪、盾牌各数千，粮食八万石，剩下便都归李成栋所有。
大海上四百余艘海船，满载两万余人，以及大批缴获的银钱和物资，于海上乘风破浪而行。
这时海上浪高风急，船上人挤人，空间非常狭窄，大批士卒晕船，军民们苦不堪言。
李成栋部在太湖上活动也有半年时间，对于入海本无敬畏之心，以为跟在湖里差不多，一入大海才知道厉害。
不少士卒在海上一颠簸，胆水都快吐出来，就连威风凛凛的李成栋李总兵，也呕吐不止，躲在船舱里，不好意思出来。
崇明靠近陆地，为了震慑清军，镇远号炮船以及几艘主力福船，都被
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