中，负责对大明各级官吏进行督查，一经发现违法事宜，负责向法堂提出弹劾。
增加法堂：负责大明的司法审判，并且在大明各省、府县设立独立的法院，专门审理各种诉讼，不受大明各级衙门的管理，法堂与各地法院直属于大明皇帝。
原幕府法堂司司丞康铭留用。
增加医护部：负责大明各地正在筹建的医馆的管理，并且负责大明医药的研发、使用，负责对抗大明各地的瘟疫等医学事务。刘君韬还将太医院也并入医护部之中，原幕府医护司司丞岑熵留用。
增加中情部：负责大明内、外情报的搜集、核查、汇总上报。
下设坊间司、朝堂司、番邦司，分别对民间、各级官府、外国的情报进行搜查，原幕府情报部司丞刘尚、刘忠、刘夏、郭翼分别出任司丞和副司丞。
同时，刘君韬将南、北镇抚司衙门全部并入了中情部，原幕府情报部部长刘子安出任中情部部长，原北镇抚司指挥使出任副部长。
增加赞画部，专门就大明内外时局为刘君韬和成化帝提供建议。原幕府赞画部部长张玉清出任部长。
下设战略司：负责大明整体军事战略的制定，以及对各方势力的军事态势的制定，由原幕府战略司司丞赵凌出任司丞；
下设参谋司：负责大军出征的临场谋划，以及提供各种计策参考；并且对大明出~台的各项政策进行甄别和完善，由原幕府参谋司司丞赵炳义出任司丞；
下设档案司：负责收集各种战略、历史、情报资料，并且存档备查，为战略司和参谋司做出决断提供资料支持，由原幕府档案司司丞曹继旺出任司丞；
此外，刘君韬将原幕府中枢部的文案司、政令司、发展司的司丞、人员，全部充实到内阁之中，这三个司全部作为内阁的下设部门，原幕府中枢部司丞杨启凡、贺之命、陈瑞全部留任司丞。
至
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