以刘君韬便以山东镇总兵官的名义下令，山东各地的营兵全部向就近的驻扎地点集结，总兵府将对各地营兵进行整编。
各地营兵中，符合总兵府要求的兵员将会进行征训，征训合格之后便编入各军之中作为补充兵员，不合格者便由总兵府发放遣散费，全部遣散回家。
各地营兵中的将官也是如此，全都需要进行“回炉重造”，要到玉山镇进行集训，合格者才可以根据其才能授予官职，否则也要被遣散回家。
刘君韬的这道命令发出之后，整个山东都是为之一震，各地的武将都是人心浮动，刘子安也是收集了不少消息，警告刘君韬各地有些暗流涌动。
而各地的文官也是等着看好戏，几乎所有文官都是期盼着刘君韬和麾下将领闹翻。
不过刘君韬却不为所动，坚持己见，各军也是迅速开拔到位。
与此同时，刘君韬也开始主持总兵府其余各部的改革事宜。
首先便是对商部的改革，商部可是总兵府的“钱袋子”，只要商部稳如泰山，刘君韬就有大把的钱粮推行自己的计划，而不必被朝廷发下的钱粮拴住手脚。
刘君韬决定：
将工坊司整合为将作司，司丞为马立军，负责各类新式生产工具的研发、对现有生产工具进行改进，并且根据实际生产的需要进行专项的研发，说白了这个将作司就是刘君韬设立的一个研发机构！
这个研发机构承载了刘君韬极大的期许，从今以后山东镇除了军事以外所有的技术积累都要由将作司完成，甚至刘君韬心中期盼已久的蒸汽机也是如此，需要在刘君韬的指点下，由将作司打造出来！
将贸易司整合为工商司，司丞为崔宁，负责商部所有工坊和商贸的筹建、管理、生产、各类专利的贩卖，对山东境内以及徐州、江南等地的商事进行干预，并且负责向已经购买了玉山镇各类专利的商贾、士绅收取费
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