第五阶段的剧情发生在行星发动机附近，在发现叛军妄图破坏行星发动机引发混乱、夺取星际飞船后，罗舟跟他的小队先一步赶往行星发动机附近，与叛军爆发战斗。
在战斗中，主角不仅要深入发动机内部，还要进入地下城，解救这里的平民。
这一阶段的剧情比以往的场面都要更大，虽然获得的资源比之前要多，但战斗的难度也直线升高，叛军的数量不少，而且准备充分、武器十分精良，玩家必须很好地利用周围的环境进行作战才能成功。
第六阶段的结局剧情，发生在太空中。
虽然成功剿灭了妄图破坏行星发动机的叛军，但还是有另外一支叛军成功抢到了星际飞船，并驾驶这艘星际飞船升空。主角在最后时刻成功赶到，混入了星际飞船中。
在最后一幕，主角再度回到了星际飞船的场景中。这里的场景跟第三阶段很相似。第三阶段玩家是在残破的星际飞船中战斗，而最后一幕则是在修复完好的飞船中战斗。很多地方都能引发玩家的回忆。
在追击最后的叛军首领时，叛军关闭了飞船的重力系统，主角在真空系统中跟残存的叛军展开激战，要使用宇航服上的微型推进器调整方向和移动。在这种模式下战斗，也给了玩家一种全新的游戏体验。
在游戏的最后，叛军的图谋被粉碎，星际火种计划得以顺利推行，这颗行星也成功地渡过危机，通过引力弹弓计划，继续向着无尽的宇宙星空中继续流浪。
叛军的首领被打倒在地，他充满绝望和愤怒地看着罗舟，大声质问：“你们这些庸众，只为了自己的生存，不顾人类文明的存续！引力弹弓计划的失败概率太高了，你们看着吧，人类会因此灭绝的！而你们，就是人类灭绝的凶手！”
罗舟把手枪的枪口抵在他头盔的保护罩上：“不管未来如何，人类永远不会抛弃同胞。人类，选择希望。”
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