在这样的情况下，原本就已经十分激烈的矛盾至于无法控制了，藩内开始出现零星的骚乱，眼看就要演变成战国时代的一揆暴动了。
正当藩内的矛盾已经鼎沸，即将达到要爆发的程度时，大汉的军队也打过来了，在大汉的兵锋面前，福冈藩、久留米藩、小仓藩等等大藩不堪一击，很快就被打得狼狈鼠窜，最后被统统予以消灭，而岛原藩虽然不是大汉的攻击方向，但是藩内也极受震动。
藩主松仓胜家虽然在接到了幕府的命令之后就召集了藩兵到藩城集结，但是他在看到了这些大藩出兵抵御大汉军队，并且一触即溃的下场之后，早已经是心惊胆战，哪里还有再和大汉大战的勇气？
不过因为世代受幕府恩惠、而且情势不明朗的缘故，他也不敢向大汉投降，思前想后，觉得走投无路的他干脆做出了逃亡的决定。在大汉四处进兵，并且把幕府老中内藤忠重包围在久留米藩城内的时候，他带着自己的一群藩臣直接从逃跑，从此不知所踪。
几乎在他从藩内逃离之前，藩中的教民就已经开始举事了，因为藩内的藩臣武士们大量逃亡，再也没有人制止他们，这些藩民很快就占领了几乎整个岛原藩，并且将岛原城当成了自己的据点。
岛原藩的教民起事成功之后，消息很快就传遍了九州的西部和南部，各地的天主教民也纷纷起来响应，很快就变成了席卷一方的熊熊烈火，而当时因为大汉军队还在忙于攻击幕府军队尽快结束战事、其他的藩主也纷纷参觐大汉将军，并且带着自己的藩兵参阵，一时间无人镇压，竟然让这种教民一揆出现了星火燎原的气象。
不过，等到大汉军队打下久留米藩城、老中内藤忠重和藩主有马忠赖自杀殉国之后，大汉和这些亲附于大汉的藩主们，终于可以腾出手来解决这个问题了。
大汉最初并不想要在这种镇压平民暴乱的小规模低烈度战争当中浪费自己的兵力，所以只是下令
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