类反而凭借智慧发展出高度发达的文明，并以世界的主人自居。然而却也因为智慧之果产生了“心之壁”，使人与人之间产生隔阂，心灵中充满冷漠与悲哀。
最终，孤寂感迫使某些人类开始寻找新的生存之道。
在剧情中，人类首先发现了死海文书，然后得知了远古的秘密，随即在发现亚当的尸体后引发第二次冲击，之后不断进攻人类的使徒，就是第一使徒亚当的化身。最终人类倾尽全力消灭了所有使徒，然后由人类背后最为秘密组织seele启动了企图让全世界人类回归母体莉莉丝体内、除心之壁，最终成神的计划！
这个计划，就是大名鼎鼎的‘人类补全’计划！
圣经有云，当一个生命同时吃下‘生命之果’和‘智慧之果’的时候，他的力量便足以接近神灵。而动画中所谓的生命之果，便是使徒那无限能源的能力了，而所谓智慧之果，则代表了人类发达的文明。人类在杀死使徒之后，已经获得了生命之果，再加上本身拥有的智慧之果，再加上亚当和莉莉丝的灵魂，终于拥有了补全的力量。
至于动画最终的结尾，则有两个版本，一个是计划成功，一个计划失败，这里无需过多叙述，反正这座位面作为次元之星的选择名单，肯定是人类灭亡的世界了。
这一切都在张恒的脑海中闪过，他看着这一方空旷死寂的世界，不知为何，张恒那如钢铁般坚韧的内心，竟然破天荒的产生出孤独的情绪来。
一开始这种感觉很淡很淡，可是随着一分一秒的过去，他仿佛听到了张馨在耳畔轻声的呢喃，听到了父母在身后深情的呼唤，可是当他若有所觉回过头的时候，却发现什么都没有。
到了最后，张恒甚至感觉到，有无数的人在自己的耳边不断诱惑着
“很孤独吧，放开你的心灵，进入大家的怀抱吧？”
“来吧，来吧……每个人都是孤独的，将
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