朝廷，大大加强了王朝统治的稳固和持久，自然是极好极好的。然而什么事都是物极必反，久则生弊。国初用人的制度，分为三途；第一是科甲，第二是监生，第三是吏员。这是所谓‘三途并用’。朝中的高级官员大都出自前两种，后来因为监生的质量下降，进士成为正途，尤其是高级官员都是进士出身，所以科甲官员才是自己人，举人、监生出身的，备受歧视，吏员出身就更惨了。
于是吏员上进无门，自甘暴弃，举人监生也决不轻易就职。他们惟一的目标，便是考进土，考中了获得甲科出身，日后才有前途可言。考不中，就准备三年以后重考。如此一科又一科，耗尽一生的精神才力，就为了能够金榜题名。许多人考了一辈子，头发全白、牙齿掉光，还在锲而不舍。
如果科举能够真正选拔出人才也行，然而四书五经八股文的教条考试，注定除了极少数智商绝伦的天才之外，选拔出的绝大多数是书呆子。这些人本身毫无政务能力，又大都在层层考试中耗尽了精力和锐气。年纪且大，无心学习，只想着如何补偿过往受尽的苦累。
浪费精力，埋没人材，选拔出的又大都年长事故，暮气沉沉，只想着升官发财的官吏，科举制遂成为吏治的大害。不知道有多少天官首辅，想要扭转这一局面，使官场的升迁不论出身，只看政绩，然而无一例外，全都失败。
沈默的前任，隆庆年间的首相高拱就曾提议，国初举人为名臣者甚众，以后偏重进士，轻视举人，积弊日甚，请求自今以后，惟论政绩，不论出身。这是一个有见地的提议，但是以高拱的手段都没有推行下去。现在轮到沈默来做这件事，他没有发表刺激科甲官的言论，却默默的做了很多。
他知道，高拱和之前的官员之所以失败，是因为作为既得利益者的科甲官群体，对任何妨碍他们独吞官位，虎口夺食的举动，都会极为警惕，坚决反抗。一个人想和一个集团斗，哪怕是皇
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