死海文书的解读，让人类知道了经过第二次大灾难后，使徒会一个接着一个相继出现到地球上。正因如此，联合国zhengfu才会花费大量财力物力，将‘第三新东京市’打造成为一个巨大的堡垒，安装了机械底座的大楼能够**升降，就算是路面也有nerv指挥中心当中的‘人工智能’电脑控制。
十五年的准备，在nerv地下的最深处，巨大的十字架上封印着胸口插着‘朗基努斯之矛’的‘莉莉丝’，这个据说能够吞噬世界所有生物，让所有生物从新化为虚无而回归大自然的使徒，就像一个巨大的吸铁石，将降临地球的其他使徒，吸引到‘第三新东京市’这个战场。
十五年的时间，为了‘人类补全’计划，nerv当中的所有人可谓倾尽全力。为了全人类的生存，不知道有多少人牺牲在了各自的岗位上。
最终，人类的终极武器，eva终于不负众望战胜了使徒，让人们看到了希望，看到了人类打败使徒这样强大的生物，战胜命运的希望。
nerv研究所当中所有的科研人员现在干劲十足，在水天使的自爆当中，初号eva机体大面积受损，虽然碇唯在水天使自爆的一瞬间开启了‘at’力场，可是没有使徒那蓝se的灵魂支持，初号eva也仅仅能够保持下了机体的躯干、头部跟**作仓内的碇真嗣这些重要器官，双手、双脚跟身体上覆盖的那些超合金装甲已经被融化掉了。
不过‘莉莉丝’不愧为号称能够吞噬一切的使徒，身体恐怖的繁殖能力十分惊人。就算初号eva这个‘莉莉丝’的复制体也拥有了这样的能力。四肢逐渐的重新长了出来，nerv内的所有人便开始重新给初号eva换上新的超合金装甲。上百米高的初号eva全身覆盖着将近一百吨重的超合金装甲，可别小看这些金属，这些超合金装甲可是通过铝、镁、钾、钠、钙、锶、钡、铜、铅、锌、锡、钴、镍、锑、汞、镉
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