程中，一群宗`教疯子却想要连最后一步也要进行下去，让全部的人类融合成一体，形成新的生命体——全灵，亦或者神。永恒的在宇宙中存活下去，用以来证明人类曾经存在过的痕迹，由此通过有着共同愿望的人建立了极机密组织seele，并制定出了所谓的‘人类补完计划’。
然而想要完好、顺利的实行‘人类补完计划’，那么作为第一使徒的亚当就必须要控制在自己的手里才行！所以为了这一目的。seele开始在全世界招收有才华的科学家。eva计划的重要参与者及设计人之一的碇唯，明日香的母亲、冬月副司令便是这个时候加入seele的。
同理的还有葛城美里的父亲，赤木律子的母亲等，只不过所负责的项目并不相同罢了。
而其中葛城美里的父亲，理论推倒出了s2机关存在形式的葛城博士所负责的就是亚当的胚胎化回归的内容。当然，是被隐藏和阉割过的版本，也因此，他才会稀里糊涂的将自家的女儿带到南极。并因为不知情的原因傻傻的引发了第二次冲击，葬身南极。
反到是同样知道这一计划，且还知道的很详细的碇元渡率先带着资料跑路了。直到第二次冲击过后，才重新以救援人员的身份返回南极，救下了被葛城博士拼死救下的葛城美里。
而这之后，亚当因为释放完体内积累的全部力量回归成了胚胎，被碇元渡收回。莉莉丝的身体被炸成了碎块，也被碇元渡和seele的人带走。只剩下朗基奴斯枪因为某些原因被滞留在了南极深海当中。
与此同时，除了亚当、莉莉丝外的全部使徒正式开始苏醒。存有亚当灵魂的诸熏诞生。并被seele找到。初号机被制造完成，碇唯以牺牲自己的方式把灵魂融进了利用莉莉丝的肉`体复制出的初号机中。在想利用初号机的重要性阻止第三次冲击诞生的同时，作为eva永生下去，向宇宙的其他文明或未来生物证明人类曾经
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