俄利用来侵略并防卫边界的顿河哥萨克军打得几乎全军尽没。
随后便是蒙古诸部对哥萨克平民的血腥屠杀，明军既不阻止，也不参与，他们已经达到了目的。用铁与火证明自身的武勇和战力。蒙古诸部想要继续抵挡沙俄及其帮凶的侵略，就只能依靠明军，依附明廷。得势不饶人的蒙古诸部联军追杀不断，直入俄境内。
八月，晋王李定国在南疆继续挥军前进，连克喀喇沙尔、库车、阿克苏、乌什等城，喀什噶尔守将反正，十月底，南疆各城全部收复。明军开始部署进军伊犁。在明军强大的军事压力下，准格尔部发生分裂，葛尔丹的侄子策妄阿拉布坦率部众五千余人逃往冬营地博尔塔拉，并向明军请和罢兵。
昭莫多战后，噶尔丹的处境十分困难，即所谓“困穷已极”，“糗粮庐帐皆无，四向已无去路。狼狈不堪，目下掘草根为食”。但其倔强。不肯屈服，最后仰药自尽。最后一代草原狼王，终是不敌千古一帝朱永兴。
昭武三十五年（1696年），沙俄遣使至科布多，抗议明军侵略其境，要求明军撤回。昭武帝当面历数沙俄屡番侵略之实。以及支持怂勇准格尔部叛乱的实迹，严厉谴责其使，并叫嚣要以战争彻底打垮沙俄，哪怕这场战争要持续一百年，也绝不放弃。
同年。黑龙江将军于七率汉蒙联军与另一支哥萨克军在阿里布里亚特再次进行激战。在冷兵器时代，哥萨克的骑兵以其速度快、机动性强、杀伤力大、骁勇善战的轮番攻击令人心惊。但他们纪律性差，不愿下马作战，更要面对热火器凶猛，且已经颇具有近代化特征的强军。失败在所难免，此战过后，沙俄中路侵略的脚步便戛然而止。
昭武三十五年（1696年）秋，昭武帝班师回朝，在蒙古大草原留下的是分散驻扎的两万大军，以及与蒙古诸部达成的筑路、设驿站、建商城等援助协议。同年，晋王李定国率大军收复伊犁，完成了统一西
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